Baihakki bergabung dengan Persija di Indonesia Super League pada musim 2009-2010.
Tiga gol dicatatkan Baihakki untuk skuad Macan Kemayoran dari 39 penampilan.
Satu musim kemudian, Baihakki membuat keputusan kontroversial dengan menerima pinangan klub rival Persija, Persib Bandung.
Namun kariernya di Persib berjalan singkat usai dicoret saat memasuki bulan keenam.
Baca Juga: Teror Covid-19 di Liga 1 Berlanjut, Bek Persija dan 3 Pemain PSS Sleman Dinyatakan Positif
Baihakki gagal meraih satu gelar pun selama bermain untuk Persib dan Persija di kompetisi Indonesia.
Baihakki kemudian memperkuat Medan Chiefs di Liga Primer Indonesia pada musim 2011.
Setelah itu, Baihakki berpindah-pindah tim di Singapura, Malaysia, dan Thailand.
Selama kariernya, Baihakki Khaizan mempersembahkan tiga gelar juara Piala AFF untuk Singapura pada edisi 2004, 2007, dan 2012.
Pemain kelahiran 31 Januari 1984 itu mencatatkan lima gol dari 142 penampilan bersama timnas Singapura di ajang internasional.
Baca Juga: Jelang Lawan Timnas U-23 Indonesia, Malaysia U-23 akan 'Berguru' dengan Saddil Ramdani Cs
Hingga kini, sosok Baihakki sendiri masih begitu dekat dengan sepak bola Indonesia.
Ia sempat menyoroti penampilan pemain muda timnas Indonesia, Pratama Arhan, di Piala AFF 2020.
Menurut Baihakki, Pratama bisa menjadi pemain berbakat di Asia jika berkenan untuk main ke luar negeri.
"Dik, kamu ini bakal jadi pemain kelas di Asia dik," tulis Baihakki di media sosial sembari memasang foto Pratama Arhan.
"Jaga diri kamu baik baik, main di luar jika bisa untuk tingkat lagi pengalaman. Luarbiasa," imbuhnya.
Sesuai unggahannya di media sosial, Baihakki berencana mencoba petualangan baru setelah memutuskan pensiun dari sepak bola.
Namun begitu, belum dijelaskan apakah ia ingin meneruskan karier sebagai pelatih atau lainnya.