Persebaya juga tak mau kalah lewat sepakan Ze Valente masih bisa diblok pemain bertahan Madura United pada menit ke-78.
Dua menit kemudian tendangan jarak jauh Paulo Victor mampu diamankan oleh Miswar Saputra.
Madura United menaikkan garis serangan memasuki 10 menit akhir babak kedua.
Alih-alih menyamakan kedudukan, Laskar Sape Kerrab justru kembali kecolongan gol pada menit ke-86.
Adalah Ahmad Nufiandani yang dengan mudah menceploskan bola ke gawang kosong.
Miswar Saputra harus meninggalkan sarangnya untuk menghalau pergerakan Paulo Victor.
Namun, keputusan Miswar justru berbuah fatal karena Victor masih sempat menggeser bola yang kemudian diterima oleh Nufiandani.
Skor 2-0 untuk kemenangan Persebaya atas Madura United menjadi hasil akhir laga.
Kemenangan ini sekaligus mengukuhkan keperkasaan Persebaya dalam derbi Suramadu kontra Madura United.
Persebaya kini merangsek ke posisi tujuh klasemen dengan 31 poin, terpaut 10 angka dari Persija Jakarta di puncak.
Sedangkan Madura United gagal beranjak dari posisi empat klasemen dengan 36 poin.
Ini merupakan kekalahan kandang kedua Madura pada putaran kedua setelah sebelumnya dibungkam Persib Bandung 0-1.
FT Madura United vs Persebaya Surabaya 0-2 (Leo Lelis 51', Ahmad Nufiandani 86')
Susunan pemain:
Madura United: 33-Miswar Saputra; 26-Novan Sasongko, 4-Cleberson Martins, 3-Reva Adi, 23-Kadek Raditya, 6-Lee Yujun (Zulfiandi 64'), 50-Hugo Gomes, 9-Beto Goncalves, 8-Esteban Vizcarra (Kwabena Appiah 64'), 77-Malik Risaldi, 11-Lulinha.
Pelatih: Fabio Lefundes.
Persebaya Surabaya: 21-Ernando Ari; 4-Leo Lelis, 33-Koko Ari, 23-Rizky Ridho, 37-Alta Ballah, 10-Ze Valente, 96-M Hidayat (Risky Dwiyan 70'), 88-Alwi Slamat, 14-Sho Yamamoto, 9-Paulo Victor, 6-Muhammad Iqbal (Ahmad Nurfiandani 45').
Pelatih: Aji Santoso.