Keunggulan Persebaya hanya bertahan tiga menit usai Agung Prasetyo menetak gol usai menyambut umpan Stefano Liiipaly.
Pertandingan sempat memanis di pungujung laga, cekcok terjadi di area pertahanan Persebaya selepas situasi tendangan bebas.
Beruntung wasit bisa dengan tegas melerai pertikaian sehingga laga bisa berlanjut.
Bek anyar Borneo FC, Julio Cesar, diganjar kartu kuning karena dinilai menjadi dalang kericuhan tersebut.
Tambahan waktu lima menit benar-benar dimanfaatkan oleh Persebaya.
Tim besutan Aji Santoso berhasil menutup laga dengan keunggulan 3-2 usai Nufiandani mencetak gol pada menit ke-90+4.
Meneruskan umpan Sho Yamamoto, Nufiandani yang berdiri bebas di kotak penalti dengan mudah menceploskan bola ke gawang.
Kemenangan ini membuat Persebaya kian memangkas jarak dengan lima besar klasemen Liga 1.
Skuad Bajul Ijo berada di posisi tujuh klasemen dengan 34 poin dari 21 pertandingan.
Sedangkan Borneo FC tertahan di posisi kelima klasemen dengan 36 poin.
FT Persebaya Surabaya vs Borneo FC 3-2 (Sho Yamamoto 80', Alta Ballah 81', Ahmad Nurfiandani 90+3'/ Matheus Pato 56', Agung Prasetyo 84')
Susunan pemain:
Persebaya Surabaya: 1-Ernando Ari; 33-Koko Ari, 23-Rizky Ridho, 37-Alta Ballah, 44-Riswan H Lauhim (Arief Catur 90+6'), 10-Ze Valente, 96-M Hidayat (Denny Agus 45'), 88-Alwi Slamat (Andre Oktaviansyah 90+6'), 14-Sho Yamamoto, 9-Paulo Victor (Michael Rumere 37'), 93-Saiful (Ahmad Nurfiandani 45').
Pelatih: Aji Santoso
Borneo FC: 1-Angga Saputro; 77-Abdul Rahman, 24-Diego Michiels (Fajar Fathurrahman 57'), 13-Agung Prasetyo, 5-Julio Cesar, 12-Hendro Siswanto, 14-Stefano Lilipaly, 10-Jonathan Bustos, 8-Kei Hirose (Abrizal Umanailo 18'), 19-Adam Alis, 7-Matheus Pato.
Pelatih: Andre Gaspar.